Deshalb bitte im Gerätemanager mal nachsehen, ob bei dem COM-Port ein Ausrufe- oder Fragezeichen angezeigt wird, ob der FTDI auch wirklich erkannt wird wenn er abgezogen / angesteckt wird ( sieht man an den verfügbaren COM Ports ) und ob der Pfad auf das Verzeichnis \ARDUINO oder wie auch immer es angelegt ist weist - denn sonst kann es sein das entweder temporäre Dateien angelegt und nicht mehr gefunden werden oder irgendwelche Libraries nicht eingebunden werden können.
Da Arduino 1.0 / 1.0.1 einige Fehlermeldungen noch nicht wirklich hundertprozentig korrekt ausgibt und bei einigen sogar "unknown" ausgibt würde ich das auf jeden Fall kontrollieren - es gibt auhc Leute die 30 Jahre Autofahren und irgendwann trotzdem vergessen, rechtzeitig zu tanken und sich wundern, warum die Fuhre nicht anspringt ( Sprit hat er ja auf jeden Fall....

Manchmal sind es wirklich nur solche Kleinigkeiten, ich hatte das problem beim Umstieg von Arduino-Alpha auf 023 und weiß noch gut um die Zeit für die fehlersuche - und es war nur der vermaledeite Datenpfad in der Systemeinstellung von Arduino. Seitdem lasse ich sowas immer gleich mit ausmerzen, dann kann es nicht mehr rummurksen